Wielu z nas pomija ten aspekt, ale system operacyjny w naszej nawigacji samochodowej ma niebagatelne znaczenie. Jego podstawowym zadaniem jest koordynacja wszystkich podzespołów, a więc procesora, pamięci wbudowanej ROM i RAM. Jednak dla użytkownika najważniejsze jest to, z jakimi mapami może współpracować dany system operacyjny. Który spośród nich jest najpopularniejszy? Z pewnością produkt firmy Microsoft, Windows CE. Jest on równocześnie kompatybilny z największą liczbą przeróżnych map, między innymi MioMap, MapaMap czy AutoMapa: te nazwy z pewnością wiele mówią użytkownikom nawigacji GPS. W niektórych urządzeniach instalowany jest system operacyjny Garmin’a, jednak może on obsługiwać zdecydowanie mniej map, co stawia go daleko za Windowsem CE. Co ciekawe, nawigacje firmy TomTom mają wbudowany własny, autorski system operacyjny, który jest kompatybilny z TomTom Navigator. Tak więc przy zakupie nawigacji samochodowej koniecznie musimy zwrócić uwagę na zainstalowany system operacyjny. Od tego zależeć będzie późniejszy dobór mapy.